エラーじゃありません。Win2000インストール時に「アップグレード」を選択しなかった場合そうなります。
おそらく「WINDOWS」「WINNT」など、2つのディレクトリに分けてインストールされてしまったのだと思います。
Program filesが共有されてしまうので多少気持ち悪いかもしれません。前々から使用していたWin98SEをアップグレードしたいのなら、次の手順でできます。
・Win98を起動する。
・WINNTディレクトリを根こそぎ削除する。
・Win2000インストールCDを起動する。次に「アップグレード」を選択。
Win98時代に使用していたアプリケーションの再インストールを厭わなければ、まっさらにしてクリーンインストールをオススメします。